A relação entre os sistemas de controle interno e controle externo da Administração Pública brasileira é estruturada pelos princípios da complementaridade e da cooperação, que asseguram a atuação coordenada e funcionalmente integrada dessas instâncias de fiscalização. No modelo constitucional previsto nos arts. 70 a 74 da Constituição Federal, o controle interno atua no âmbito de cada Poder, enquanto o controle externo é exercido pelo Legislativo com o auxílio dos Tribunais de Contas, formando um sistema articulado de supervisão da gestão pública.
O princípio da complementaridade estabelece que essas formas de controle não são concorrentes, mas interdependentes. O controle interno exerce função preventiva, concomitante e corretiva, atuando como primeira linha de defesa da gestão pública, enquanto o controle externo desempenha função fiscalizatória e sancionadora, com foco na legalidade, legitimidade e economicidade. A Constituição, ao determinar que o controle interno apoie o controle externo (art. 74), reforça essa divisão funcional e integrada.
Já o princípio da cooperação impõe uma atuação colaborativa entre os órgãos de controle, baseada no compartilhamento de informações, na comunicação de irregularidades e na coordenação institucional. Essa cooperação, de natureza horizontal, não implica subordinação, mas sim integração funcional, preservando a autonomia de cada sistema e ampliando a eficiência da fiscalização pública.
A jurisprudência do Supremo Tribunal Federal corrobora esse arranjo institucional. No julgamento da ADI 5705/SC, a Corte afirmou a autonomia dos sistemas de controle, destacando a inexistência de relação hierárquica entre controle interno e controle externo, ainda que atuem de forma articulada no âmbito do controle da Administração Pública. O STF enfatizou que a atuação desses sistemas deve ocorrer em regime de cooperação institucional, com compartilhamento de informações e atuação coordenada, sem interferência indevida nas competências de cada instância. Assim, complementaridade e cooperação estruturam um sistema de controle integrado, eficiente e orientado à accountability.
